Alla celler i vår kropp är uppbyggda av vibrerande livsenergi. Cellerna bildas av molekyler, som kan brytas ner i atomer. I och emellan dessa atomer cirkulerar otroligt snabbt vibrerande partiklar vilka ibland benämns universums klister (kvantum) eftersom de anses hålla samman atomer och allt existerande i den form vi upplever det.
Allt består i grunden av ren energi och påverkas av energier.

Genom att vibrera i olika hastigheter bildar cellerna olika vävnader och organ i kroppen.

I en frisk kropp vibrerar alla celler i harmoni med varandra och vi har optimal hälsa. Detta är numera ett ovanligt tillstånd. Vanligare är att vi finner stress, frustration, prestationsångest, depression och mycket mera dom skapar obalans i kroppens fina nätverk av energer och vi blir sjuka.

Eftersom en Reikiutövare bara är en kanal för ren livsenergi så fylls den andres kropp på med livsenergi när Reikiutövaren lägger sina händer lugnt och stilla på olika positioner längs kroppen. Det hjälper då kroppen att hitta tillbaka till sitt rätta mönster (och till att bli den man är ämnad att vara). Det är klienten själv som avgör hur mycket energi som kroppen behöver ta emot.
En del Reiki-Mastrar säger också att man kan lura kroppen genom att lägga sina händer på någon som har ett besvär någonstans i kroppen och att kroppen då tar till sig mönstret av den fritt strömmande energin, och förkastar det onda.

En annan dokumenterad positiv effekt får man genom beröringen av människan. Läs gärna boken Lugn och Beröring av Kerstin Uvnäs Moberg, där man tar upp Oxytocinets läkande verkan i kroppen.

En annan helt "ovetenskaplig" teori är att när man som klient låter sig ta emot en Reiki-behandling så vet man att det tar minst en timme. Man ställer in sig på avkoppling och kroppen slappnar av alla spänningar. Då ger man kroppen en god chans att börja läka sig själv, vilket är helt omöjligt när man är spänd.